Martin Werner ist in der Nähe von Basel aufgewachsen. Nach einer Berufslehre als Zimmermann studierte er Wirtschaftswissenschaften und Mathematik an der Universität Bern. Nach der Doktorandenausbildung am Studienzentrum in Gerzensee in Mikro- und Makroökonomie promovierte er am volkswirtschaftlichen Institut der Universität Bern im Bereich Industrieökonomik.

Anschliessend arbeitete er acht Jahre bei der schweizerischen Wettbewerbskommission in Bern. Dort war er vor allem im Bereich Telekommunikation tätig, leitete verschiedene grosse Untersuchungen und schrieb diverse Gutachten zuhanden des Bundesamtes für Kommunikation und der Preisüberwachung. Ausserdem war er in den Kompetenzzentren Ökonomie, Kommunikation und Ermittlungen engagiert. Als Teamchef führte er regelmässig Hausdurchsuchungen in allen Branchen durch. Im Rahmen der Zusammenarbeit der Schweiz mit der Europäischen Union arbeitete er im Jahr 2005 in Brüssel für die europäischen Wettbewerbsbehörde (DG Competition).

Seit 2007 hält er als Gastdozent Vorlesungen bzw. Seminare an den Universitäten Bern und Zürich im Bereich von Netzwerkindustrien (Telekommunikation, Energie, Information und Transport).

Martin Werner spricht neben Deutsch auch fliessend Holländisch, Englisch und Französisch. In seiner Freizeit ist er häufig auf seinen Inlineskates, auf seinem Snowboard, an seinem Klavier oder am Schachbrett anzutreffen.