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Publications
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(2023): Towards Widefield based Three-Dimensional Nuclear Nanostructure Analysis in the 1 Nanometer Resolution Range. Poster. Focus on Microscopy. Porto, 4. April, 2023
Abstract: The spatial nanostructure of the nuclear genome of higher organisms has emerged as a main topic of cell biology1. So far, a variety of methods have been applied for its elucidation by super-resolution approaches2,3. Here, we discuss application perspectives for a further improvement of nuclear nanostructure analysis by a combination of Localization Microscopy with laterally (SIM: Structured Illumination Microscopy) and axially patterned (SMI: Spatially Modulated Illumination)4. Numerical simulations indicate that a three-dimensional localization precision around 1nm may become feasible using fluorescence yields typical for single molecule localization microscopy (SMLM) applications. Together with the nanosizing capability of SMI, this may eventually be used to analyse macromolecular nuclear complexes and other nanostructures with a topological resolution approaching cryoelectron microscopy.
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(2023): Lens Free Ring Array Illumination microscopy. Combination of Super-Resolution with Large Field of View Imaging and long Working Distances. Poster. Focus on Microscopy. Porto, 4. April, 2023
Abstract: Using low NA objective lenses, light microscopy allows to "screen" large object areas to identify fluorescently labeled or autofluorescent structures of interest at relatively modest optical resolution; using separate instrumentation, selected sites can then be further analyzed at enhanced resolution, such as ultrastructural microscopy, or State-of-the-art super-resolution microscopy (SRM). This second step, however, typically requires high NA objective lenses with working distances in the submillimeter range. Here we present a novel concept which enables a direct integration of SRM (STED, SMLM, MINFLUX) into microscopy systems with working distances up to the multicentimeter range while still allowing nanometer scale resolution. This becomes possible by a "lens free" illumination mode with multiple coherent excitation beams positioned in a „ring-array“ arrangement around the low NA objective lens1. The feasibility of such a direct correlative microscopy method was validated by extensive numerical simulations; on the basis of these calculations, experimental implementation options shall be discussed. Such "Ring Array" illumination modes may be useful also for other correlative microscopy methods, such as a direct combination of light and electron microscopy in the same device (dCLEM).
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(2022): Advanced Door Area Monitoring. Precision Photonic Systems. OST. Ostschweizer Fachhochschule. Institut für Mikrotechnik und Photonik. Dornbirn, 1. Dezember, 2022
Abstract: Door Area Monitoring is an important focus of automated door manufacturers. Presently available door area analytics can not only detect a person wishing to pass through the door, but also discriminate the speed and direction of travel. We use a miniaturized door automation system to study such systems far beyond the conventional detection capabilities required for opening and closing the door: Doors are only partially opened where needed, and at a higher level, the results of image and ranging sensor data evaluation such as gender, age, customer identification etc. can be fed into smart building surveillance.
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(2022): Eye safety. Lunch Chat. Swissphotonics. Online, 8. November, 2022. Available online at https://www.swissphotonics.net/home?event_id=4210, last checked on 16.02.2023
Abstract: Introduction to eye safety assessments according to DIN EN 60825 and 62471. Focus on the application of these standards to various typical products containing emission and illumination from laser and LED as well as some of technical aspects regarding the measurements involved.
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(2022): Time series forecasting in the field of property management in tourism regions. 42nd international symposium on forecasting. International Institute of Forecasters. Oxford, 10. - 13. Juli, 2022. Available online at https://isf.forecasters.org/wp-content/uploads/BookOfAbstractsISF2022.pdf
Abstract: With the rise of alternative accommodations such as rental holiday homes, the need for a service to manage such accommodations is growing. The planning of human resources is still a major challenge. This is especially true for the management of multiple holiday homes where distances between properties vary and demand is flexible. The goal is therefore to develop a software that predicts the number of people departing for each day of the next four weeks. Within this context, the forecast supports the management in mid-term human ressource planning. The authors offer a research prototype, predicting a flexible demand and translating this demand into a staff requirement. The time series exhibits several interesting characteristics. It consists of strictly positive integer values, of which many are zeros, it shows multiple seasonalities with different cycles and numerous anomalies due to Covid-19. Multiple state-of-the-art models and methods were tuned and tested until Facebook Prophet was chosen as forecasting technique. The addition of context specific regressors to the model is essential for generating valuable forecasts. The prototype software allows the training of the model once new data becomes available. Furthermore, its integration into the staff assignment planning and time recording software of the tourism property management company ensures its ease of use.
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(2021): Deep Learning in Microscopy. Imaging ONEWORLD series. Royal Microscopial Society. Online, 19. Juli, 2021
Abstract: Recent advancements in microscopic image analysis have made use of the tremendous progress that artificial intelligence has seen in the evaluation of digital images. The application of deep learning techniques to microscopic image analysis ranges from image restoration and denoising to automated cellular and subcellular profiling to generation of augmented reconstructed image data, encompassing e.g. super-resolution images from single molecule localization microscopy data, virtual refocussing, content aware neuronal reconstructions and many more. However, deep learning methods are generally based on the availability of large amounts of reliable ground truth data. In the talk I will highlight some of the recent advances in deep learning applied to microscopic data with a focus on applications for super-resolution microscopy.
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(2021): Towards a 3.5D Camera. Multispectral Time-of-Flight Range Imaging Provides Datasets Comprising 3 Spatial and 0.5 Spectral Dimensions. Poster session. FTAL Conference. Scuola universitaria professionale della Svizzera italiana SUPSI. Dipartimenteo tecnologie innovative. Lugano, 28. Oktober, 2021
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(2020): Wie Maschinen Menschen verstehen. Schweizer Digitaltage. digitalswitzerland. Chur, 3. November, 2020. Available online at https://youtu.be/HToHcv5E--U, last checked on 23.01.2021
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(2019): Bildverarbeitung und Maschinelles Sehen für Studierende der Ingenieurwissenschaften. Poster. 120. Jahrestagung der deutschen Gesellschaft für angewandte Optik (DGaO). Deutsche Gesellschaft für angewandte Optik. Darmstadt, 12.-15. Juni, 2019. Available online at https://www.dgao-proceedings.de/abstract/abstract_only.php?id=2447, last checked on 14.02.2020
Abstract: Der Einsatz photonischer Technologien setzt sich in den kommenden Jahren verstärkt fort. Bildverarbeitung spielt bei diesen Entwicklungen eine zentrale Rolle. Mit Beiträgen aus der Industrie wurde ein Bachelor-Curriculum mit Schwerpunkt «Bildverarbeitung» für Studierende der Ingenieurwissenschaften konzipiert. Ein wichtiges Ziel des Kurses war es, theoretische und praktische Erfahrungen in Automatisierungstechnologien zu vermitteln, die für zukünftige Ingenieure von größter Bedeutung sein werden. In diesem Beitrag werden wichtige Konzepte unseres Bildverarbeitungskurses vorgestellt, und praktische Geräte und Laborausstattung beschrieben, die für diesen Kurs bereitgestellt wurden. Der dreigeteilte Kurs besteht aus Präsenzsequenzen, aus Übungssequenzen mit Programmieraufgaben, sowie aus einer Phase Problemorientierten Lernens (POL), in welcher die Studierenden ihre eigenen Bildverarbeitungsprojekte realisieren. Es werden einige Beispielprojekte aus dem Frühjahrs- bzw. Herbstsemester 2018 vorgestellt. Kursinhalt und -materialien wurden hinsichtlich des technischen Gehalts und der Lerneffektivität bewertet. Die Ergebnisse dieser Bewertung werden in diesem Beitrag vorgestellt.
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(2019): Holzwerkstoffklassifizierung mit Machine Vision unter Verwendung einer Acht-Kanal-Farbbeleuchtung. 120. Jahrestagung der deutschen Gesellschaft für angewandte Optik (DGaO). Deutsche Gesellschaft für angewandte Optik. Darmstadt, 12. Juni, 2019. Available online at https://www.dgao-proceedings.de/archiv/120_titel_d.php, last checked on 31.01.2020
Abstract: Die Unterscheidung zwischen Echtholz und Nachbildungen ist wichtig für die Bewertung von Möbeln und Wohnraum. Moderne Oberflächenfertigungsverfahren machen es dem menschlichen Auge praktisch unmöglich, die verwendeten Baumaterialien richtig zu identifizieren, ohne das Objekt zu beschädigen. Wir präsentieren eine rein optische Technik zur Klassifizierung verschiedener Eichenparkettmaterialien anhand eines Beleuchtungsschemas mit acht verschiedenen Spektren von UV bis IR. Das System diente der Unterscheidung zwischen Vinyl-Replik und fünf verschiedenen Echtholz-Eichendekors, wobei eine Klassifizierungsgenauigkeit von 97% erreicht wurde. Weitere Anwendungsmöglichkeiten sind die Suche nach passenden Ersatzdekors beim Austausch schadhafter Panelen, z.B. nach Reparaturen.
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(2019): Superauflösende Mikroskopie mit sehr großem Arbeitsabstand durch verteilte Aperturbeleuchtung. Poster. 120. Jahrestagung der deutschen Gesellschaft für angewandte Optik (DGaO). Deutsche Gesellschaft für angewandte Optik. Darmstadt, 12.-15. Juni, 2019. Available online at https://www.dgao-proceedings.de/abstract/abstract_only.php?id=2449, last checked on 14.02.2020
Abstract: Die Grenzen der konventionellen Lichtmikroskopie („Abbe-Limit“) hängen entscheidend von der numerischen Apertur (NA) der Objektivlinse ab. Die Bildgebung bei großen Arbeitsabständen oder einem großen Sichtfeld erfordert typischerweise Objektive mit niedriger NA, wodurch die optische Auflösung auf den Bereich von mehreren Mikrometern reduziert wird. Basierend auf numerischen Simulationen der Intensitätsfeldverteilung stellen wir ein Beleuchtungssystem für ein hochauflösendes Mikroskop vor, das eine dreidimensionale (3D) optische Auflösung um 150 nm für Arbeitsabstände bis zum Zentimeterbereich ermöglicht. Grundsätzlich erlaubt das System eine große Flexibilität, da das Beleuchtungskonzept zur Annäherung an die Punktspreizfunktion herkömmlicher Mikroskopoptiken mit dem zusätzlichen Vorteil einer anpassbaren Pupillenfunktion verwendet werden kann. Verglichen mit dem Abbe-Limit unter Verwendung einer Objektivlinse mit einem so großen Arbeitsabstand wird ein Volumenauflösungspotenzial in der Größenordnung von 104 geschätzt.
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(2018): Benutzerpositionsabhängige 3D-Daten-Anzeige ohne stereoskopische Hardware und ohne Headse. Poster. 119. Jahrestagung der deutschen Gesellschaft für angewandte Optik (DGaO). Deutsche Gesellschaft für angewandte Optik. Darmstadt, 23.-26. Mai, 2018. Available online at https://www.dgao-proceedings.de/abstract/abstract_only.php?id=2277, last checked on 21.02.2020
Abstract: Stereoskopische Bildverarbeitungsmodule haben aufgrund der benötigten Hardware (Bildaufnahme, 3D-Brille) nur begrenzten Erfolg in der Technik- und Konsumwelt. In den letzten Jahren hat vor allem der Spielesektor von spezialisierten VR-Brillen profitiert. Viele andere industrielle und biomedizinische Anwendungen, wie z.B. Tomografieverfahren oder CAD-Konstruktion, haben die erhöhten 3D-Renderingfähigkeiten heutiger Computerhardware bisher nicht voll ausgenutzt. Wir verwenden Standardhardware (Monitor und Webcam), um benutzerpositionsabhängige Projektionen von 3D-Daten ohne zusätzliche Spezialbrillen anzuzeigen. Der Ansatz bietet viele Anwendungsmöglichkeiten von der medizinischen Bildgebung über Konstruktion und CAD-Design, Architektur bis hin zu Kunst und Performances. Abhängig von dem Ort des Nutzers, werden die 3D-Daten für den jeweiligen Benutzersichtwinkel (Zoom) und die Blickrichtung unterschiedlich gerendert. Wenn sich der Benutzer vor dem Monitor bewegt, werden verschiedene Bereiche des gerenderten Objekts sichtbar. Wenn der Benutzer sich dem Bildschirm nähert, verringert sich der Ansichtswinkel, was durch eine vergrößerte Version des gerenderten Objekts visualisiert wird.
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(2018): Prototyp: Online-Buchungstool für Gruppenreisende nach Graubünden. Poster. regiosuisse-Wissenschaftsforum. regiosuisse. Lugano, 22. - 23. November, 2018. Available online at https://regiosuisse.ch/documents/regiosuisse-wissenschaftsforum-2018-digitale-poster-fallbeispielen-zur-digitalisierung, last checked on 28.02.2020
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(2018): Optimizing time-of-flight cameras for underwater applications. Graubünden forscht. Academia Raetica. Davos, 19. September, 2018
Abstract: In recent years, time-of-flight (ToF) cameras have emerged as a reliable and cost-effective way to provide high frame-rate range imaging. Today, this technology is used to address a wealth of applications including object detection, collision prevention, or gesture recognition. Here, we describe the implementation of the technology for underwater applications. The challenge arising from this adaptation is that the near-IR regime, in which current ToF sensors typically operate, is far from ideal for this application due to the strong absorption of liquid water. We show that by operating existing ToF imaging chips in combination with LED light sources at visible wavelengths, distance sensing with ranges on the meter level can be realized. We find that the attainable performance depends on a variety of parameters, such as the wavelength dependent absorption of water, the emitted optical power and response times of the LEDs, or the spectral sensitivity of the TOF chip. An in-depth analysis of the interplay between the different parameters is given and the performance of underwater TOF imaging using different visible illumination wavelengths is analyzed.
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(2016): Makerspace. Workshop. 13. InetBib-Tagung. InetBib. Stuttgart, 10. Februar, 2016
Abstract: Makerspaces sind ein vieldiskutiertes mögliches Betätigungsfeld für Bibliotheken in der Zukunft. An der HTW Chur wurde ein LibraryLab eingerichtet, in dem sich Studierende mit dem Konzept Makerspace und mit verschiedenen Technologien vertraut machen können. Im Workshop werden dieses LibraryLab sowie die Ergebnisse eines Projektkurses mit Studierenden präsentiert und veranschaulicht. Gleichzeitig werden die Möglichkeiten und Grenzen für Bibliotheken und Bibliotheksmitarbeitende im Kontext Makerspaces diskutiert.
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(2015): Lamps and Illuminants. A Customer’s Viewpoint. Workshop: Smart Lighting. Swissphotonics, Swiss National Laboratory for Solid State Lighting SSSL. Lausanne, 30. Oktober, 2015. Available online at https://www.swissphotonics.net/workshops/workshop-datenbank?2204, last checked on 28.02.2020
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(2015): E-Books für alle. Inklusion mit Hilfe neuer Technologien. 32. Österreichischen Bibliothekartag. Vereinigung Österreichischer Bibliothekarinnen und Bibliothekare Büchereiverband Österreichs Universitätsbibliothek Wien Universitätsbibliotheken der Technischen Universität Wien Veterinärmedizinischen Universität Wien. Wien, 18. September, 2015
Abstract: Inklusion ist das Recht aller Menschen, ein gleichberechtigtes Mitglied der Gesellschaft zu sein. In Bezug auf multimediale interaktive E-Books bedeutet Inklusion, dass Menschen mit und ohne Behinderung solche E-Books gleichermassen einfach nutzen können sollten. Der Beitrag skizziert die Herausforderungen für die Produktion inklusiver Enhanced E-Books und die entsprechenden Anforderungen an die E-Reader-Hardware und -Software. Der Fokus liegt auf der Produktion von E-Books im Standardformat EPUB 3 für sehbehinderte und blinde Personen. Nebst den dazu nötigen grundlegenden Konzepten von EPUB 3 (HTML, CSS, SVG, MathML, JavaScript) werden auch „text-to-speech“ und „text-to-braille“ erläutert. Schliesslich zeigt der Beitrag auf, wie diese Technologien von Verlagen und Bibliotheken genutzt werden können, um in multimedialen interaktiven E Books nicht nur Text und Bilder, sondern auch Videos und Grafiken für sehbehinderte und blinde Personen auf verschiedensten Geräten leichter zugänglich gemacht werden können.